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Covid-19 : comment identifier le variant anglais ?

Alors que selon les résultats préliminaires d'une étude réalisée le 27 janvier dernier, le variant anglais représente aujourd'hui 13,8 % des tests positifs au Covid-19, comment font les médecins pour détecter cette souche plus contagieuse du coronavirus ?

Concrètement, lorsqu'une personne est testée positive au SARS-CoV-2, les laboratoires ont recours à deux méthodes afin de déterminer s'il s'agit du variant britannique.

La méthode Thermo Fisher

La première consiste à analyser un test PCR, c'est-à-dire le test réalisé par écouvillon dans le nez, sur une plate-forme bien spécifique équipée en matériel de la marque Thermo Fisher. 

Cette technologie issue de la recherche américaine vise trois parties différentes du code génétique du coronavirus.

Quand le test analysé par Thermo Fisher revient positif sur deux marqueurs sur trois, les médecins sont quasiment sûrs d'être en présence d'un variant anglais.

Un premier bémol, donc, car cette méthode, bien qu'assez fiable, ne permet pas d'en être certain à 100 %. 

Par ailleurs, en France, seul un laboratoire sur trois est équipé d'un matériel de la marque Thermo Fisher. Ce faisant, un certain nombre de cas de variant britannique peut passer à travers les mailles du filet.

Le séquençage

La deuxième méthode utilisée, qui elle est beaucoup plus précise (de l'ordre de 99,9 %) consiste à avoir recours à un séquençage génomique.

Dans ce cas de figure, en cas de doute sur un test positif au Covid-19, qu'il soit PCR ou antigénique (les deux se faisant par écouvillon dans le nez) l'ADN du virus est étudié pour savoir s'il s'agit du variant anglais ou d'une autre souche.

Pour user d'une image, cela revient en quelque sorte, à analyser toute «la carte d'identité du virus».

Outre le fait que le séquençage permet de confirmer, ou non, si le coronavirus SARS-CoV-2 identifié est un variant britannique, il permet aussi de repérer d'éventuelles mutations complémentaires.

Alors qu'il est actuellement en train de se propager en France, le variant britannique aurait en effet déjà subi des mutations que les scientifiques ont d'abord qualifié «d'inquiétantes».

Des tests menés par des chercheurs de l'Université de Leicester, en Angleterre, avaient ainsi mis en évidence une mutation spécifique, baptisée E484K, déjà identifiée précédemment dans les variants brésilien et sud-africain.

Sur la base de premières données, ils avaient d'abord redouté que cette mutation puisse limiter la capacité des anticorps à attaquer le virus, et ainsi à remettre en doute l'efficacité des vaccins en cours de développement.

Ce jeudi 4 février, le laboratoire Pfizer a toutefois assuré que «le niveau d'efficacité» de son sérum restait pourtant «quasiment identique» non seulement face au variant anglais, mais aussi sur la souche sud-africaine, selon une information de franceinfo.

Après des problèmes de livraison, le laboratoire américain a également affirmé que les objectifs fixés seront tenus.

Une bonne nouvelle car l'urgence est grande et une course contre la montre engagée.

Selon les dernières études, le variant britannique serait en effet jusqu'à 70% plus contagieux que la souche classique.

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