Ce vendredi 25 décembre, un premier cas de contamination par la variante du Covid-19 apparue au Royaume-Uni a été détecté en France. Il a pu être identifié grâce à un nouveau protocole de recherche mis en place dans certains hôpitaux français depuis l'apparition de cette nouvelle version du virus.
Depuis la découverte de cette nouvelle mutation du Covid-19 au Royaume-Uni, jugée plus contagieuse, plusieurs plate-formes de séquençage génomiques - dont les Centres Nationaux de Référence (CNF) des virus respiratoires de Paris et de Lyon et quelques hôpitaux qui disposent de séquençeurs ADN - ont mis leurs machines en route. Les chercheurs tentent ainsi de découvrir si les patients testés positifs au coronavirus ces deux derniers mois avaient contracté un virus semblable à la nouvelle variante britannique.
L'opération pour identifier les différentes variantes est simple : il suffit de prélever le virus contenu dans un échantillon naso-pharyngé et de «casser» son enveloppe pour libérer le génome. Celui-ci est ensuite versé dans un tube rempli d'une solution saline, puis placé dans l'un des séquenceurs, capables de fragmenter et d'analyser plusieurs génomes à la fois. Les serveurs informatiques reliés à ces machines prennent ensuite le relai pour étudier et comparer les variantes identifiées.
Une méthode peu utilisée en France
En France, le séquençage du Covid-19 n'en est qu'à ses débuts : depuis l'apparition de la pandémie, seuls 2.500 souches virales ont ainsi été séquencées sur le territoire, contre 120.000 en Grande-Bretagne.
Cette semaine, un premier tube de quarante génomes est passé au séquençage à l'hôpital Henri Mondor de Créteil (Val-de-Marne), comme le rapporte France Inter. Les résultats devraient être connus dans quelques jours. A l'issue des fêtes de fin d'année, l'hôpital équipé de plusieurs machines à haut débit envisage une analyse plus ambitieuse, avec plusieurs centaines d'échantillons, pour déterminer si le nouveau variant circule activement sur le territoire.